朱载坖这次召集的人员还是相当之多的，各部院衙门的主官，内阁辅臣，参赞军务大臣，商量对于兵部的改革，兵部职权极重，兵部掌武卫官、土官选授考课及军制、训练、征调、镇戍、边防、仪仗、禁卫、驿传、厩牧、军械、符勘、兵籍、武学等军事行政，其堂官往往督军出征，本部操赏罚进退将帅之柄，职权尤重。下设武选、职方、车驾、武库四清吏司，又领司务厅、会同馆、大通关。
可以说之前的兵部在军事上的话语权极重的，兵部尚书往往在有关军务的事情是一锤定音，不仅仅是如此，还有军政军令，几乎都是兵部在管理，五军都督府完全沦为空架子。
所以朱载坖这次改革的主要目的就是要一个什么样的兵部。原本的兵部职权确实是太重了，兵部本来是一个文职衙门，但是却包办行军用兵，这也是之前官军往往战败的重要原因的，虽然朱载坖一再提重将权，但是并没有制度上的保障，这次朱载坖就是要以制度来保障武将们在临敌决断上的权力。
朱载坖先说道：“诸位，国之大事，在祀与戎，军务朕所素重，事关天下安定，朕不敢掉以轻心，故而事涉兵部，朕与诸卿共商其事。”
首辅张居正首先说道：“陛下，兵部专掌军务，职权犹重，然国朝安定，有赖于此，陛下宜深思之。”
张居正的意思很隐晦，就是他也认为兵部现在的职权有些过重了，但是张居正也提醒朱载坖，正是由于有兵部强有力的掌握了军队，才使得武夫不那么跋扈，大明也从没有藩镇之祸，这是朱载坖要考虑的。
朱载坖当然知道张居正的意思，虽然兵部的权力过重确实会影响大明的战斗力，但是兵部集权有一个好处，就是可以杜绝将领专兵的可能性，所以朱载坖必须考虑这种可能，就是既然加强将领的权力，又要保障朝廷对于军队的绝对控制，决不能出现藩镇的可能性。
朱载坖也向臣子们首先阐述了自己的看法，朱载坖认为兵部应该是一个军政机关，而非军令机关，也就是要将兵部的指挥权予以削除，但是加强兵部的管理权，对于朱载坖的大方针，重臣们还是表示了支持，因为这么多年以来，大明官军屡战屡败，很大程度上和文官掌兵还是有很重要的原因，从嘉靖年间起，以唐顺之为首的一批官员就呼吁过要重将权。
而朱载坖即位以来，官军之所以能够接连大胜，除了官军的后勤得到了有力的保障之外，朱载坖严令督抚不得干预将帅临阵指挥，放手给提督总兵们指挥也有很大的关系，所以在场的重臣们也认可朱载坖提出的这一方案。
兵部尚书汪道昆也主动发言，认为现在兵部的职权过重，确实不利于朝廷，应该从兵部中划分出一些职权出来，以平衡朝局，其实在场的重臣们都很清楚，朱载坖向从兵部划走的就是职方司，因为在兵部中，直接和智挥作战有关的就是职方司了。
两京兵部都设有职方司，京师兵部职方司掌舆图、军制、城隍、镇戍、简练、征讨之事; 三年一报地图，以听征调之令; 阅视修浚城池，因事增置镇戍将校，设兵屯戍; 巡视操练，请命将出师，悬赏罚、调兵食、纪功过，及关津、缉捕、整顿军伍诸事。南京兵部亦置，掌守卫南京内外城门及皇陵，操练各营及江操官军，维持南京地方治安等。
朱载坖认为兵部职方司的权力过重，不能够有效的履行职务，而且职方司的官员多是文官，对于军务也不一定精通，军国重事，岂可儿戏，朱载坖认为将兵部的职方司予以撤销，在练兵军务处下设参谋司和军令司，将指挥权收归练兵军务处。
此举无疑是大大降低了兵部在军务上话语权，同时将对于卫所的管理和卫所军余子弟、卫所京操军士等的管理从兵部也重新回归到五军都督府，使得五军都督府的职权得以恢复。
但是朱载坖同时增加了兵部在军政上的话语权，首先是太仆寺、军器监、卫尉寺这三个衙门划归兵部管理，太仆寺卿、军器监正、卫尉寺卿都加兵部侍郎衔，这样的话，马政、军器、军法都由兵部管理，可以极大的增强兵部在军政的上的话语权。
除此之外，还要在兵部新设清军、军储、测绘三司，分别负责军籍核实，军储管理和舆图测绘等工作，兵部更多的负责将校的推荐，士卒招募、军籍核实，粮秣军器的保障，地图的测绘等工作，而具体的训练和指挥，则由练兵军务处负责。
当然朱载坖不仅仅是要对兵部进行改革，而是要是整个指挥系统予以重建，在明确了兵部的职权之后，就是要明确五军都督府的职权了，按照大明会典的规定，五军都督府是有很大的权力的，五军都督府分领在京除亲军指挥使司外的各卫所和在外各都司卫所。凡武职世官、流官、土官之袭替、优养、优给等项，所属皆上报于府，由五府上奏皇帝请旨。选定后，经府下达都司卫所。首领官之选授和给由，皆由吏部。
其它如武官诰敕、水陆步骑之操练，军伍之清勾替补，俸粮、屯费与屯种之器械、舟车，军情声息，边腹地图文册、薪炭荆苇诸事，与相关机构会同处理，各府只有统兵权，调兵之权在兵部，每逢战事发生，由皇帝命将为帅，调领五军都督府所辖卫所之兵佩印出征。军还即归印于朝，兵回卫所。
但是实际上现在的五军都督府，各项职权早就被兵部和其他衙门所侵夺了，根本没有实际的权力，朱载坖也不可能再恢复五军都督府这么大的权力。
朱载坖认为部分恢复即可，主要是要保证卫所官军有一定的战斗力，能够有效应对地方可能出现的各种威胁。